Во втором фильме франшизы «Люди Икс» мутанты сталкиваются с усилением общественного страха и ненависти. Неизвестный враг совершает дерзкое нападение на президента США, усугубляя напряженность между мутантами и человечеством. На фоне растущего давления общественности, требующей регистрации мутантов, профессор Ксавьер и его команда оказываются под ударом. В это время Уильям Страйкер, бывший военный, начинает собственную кампанию против мутантов, используя свои знания для создания оружия и проведения жестоких экспериментов. Его действия угрожают существованию не только Людей Икс, но и всех мутантов. В условиях надвигающейся катастрофы герои должны объединиться даже со своими врагами, чтобы предотвратить войну и защитить будущее, в котором люди и мутанты смогут сосуществовать.